Ежедневный журнал возник на базе онлайн-версии печатного издания Еженедельный журнал, выходившего в свет с 2001 по 2004 год. Несмотря на неоднократные блокировки со стороны Роскомнадзора, главные редакторы Александр Рыклин и Александр Гольц ещё долго время поддерживали работу портала, публикуя на его страницах аналитические статьи и комментарии авторов преимущественно оппозиционных взглядов. Однако с июля 2022 года новых материалов на сайте больше не появляется.